La SPA de Lyon est née en 1853, comme la Société Protectrice des Animaux à Paris (1845), sur le modèle Anglais de la Société pour la prévention de la cruauté envers les animaux (première société de protection animale créée dans le monde en 1824). Constituée par des médecins, des vétérinaires et des notables de la bonne société Lyonnaise. Elle fut reconnue d’utilité publique en 1893.
Au 20eme siècle, son modèle de développement s’est fait différemment de celui de la SPA de Paris qui a créé des délégations puis a intégré progressivement une soixantaine de refuges dans son organisation. La SPA de Lyon n’a aujourd’hui que deux refuges (Brignais 69– Dompierre-sur-Veille 01) mais elle est à l’origine de la création de la Confédération Nationale Défense Animale, une association qui fédère environ 260 associations indépendantes.